Das SombiFramework zum Ermitteln geeigneter Suchf

Authors: Dagmar Waltemath Ron Henkel Holger Meyer Andreas Heuer

Publish Date: 2011/02/24

Volume: 11, Issue: 1, Pages: 27-36

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Abstract

Die Wiederverwendung von Simulationsmodellen biologischer Systeme ist mit der ansteigenden Zahl der in Modelldatenbanken geSPEIcherten Modelle zu einem wichtigen Forschungsproblem geworden Ein Teilproblem ist die effiziente Suche nach relevanten Modellen in einer Datenbasis Als Lösungsansatz wurde kürzlich die Nutzung von InformationRetrievalTechniken für das bewertete Finden von Modellen vorgestelltDie im Folgenden beschriebene Software stellt Anwendungsentwicklern ein Framework zur Evaluation verschiedener Retrieval und Rankingfunktionen unter Nutzung unterschiedlicher Datenbasen zur Verfügung Der modulare Aufbau des Frameworks ermöglicht die Unterstützung weiterer XMLbasierter Beschreibungsformate sowie das Einbinden zusätzlicher Funktionen Voraussetzungen für die Verwendung des Frameworks sind die Kodierung der Simulationsmodelle in einem XMLbasierten StandardRepräsentationsformat sowie die Verfügbarkeit von semantischen Modellinformationen zB in Form von in Ontologien kodierten MetaInformationen Sombi wurde als Evaluationswerkzeug für Datenbankentwickler im Bereich der ModellSPEIcherung in der Systembiologie entwickelt Eine Verwendung des Frameworks auf anderen Anwendungsgebieten ist jedoch vorstellbarWir danken Josephine Freyman Hannes Grunert Daniel Lehmann HansChristian Rieger Muhammad Bin Abdus Salam Andreas Schult Norman Soetbeer Jan Stöwesand Martin Winkler und Tobias Wunderlich für die Unterstützung bei der Implementierung des Frameworks Weiterhin danken wir Robert Hälke für die Entwicklung des tinyParser und Martin Weitzel für die Konzeption des Frontends

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